1. Popularyzacja wiedzy i nauki oraz stanie na straży wolności badań naukowych, wolności akademickiej i etyki badawczej.
2. Promowanie roli uniwersyteckich ośrodków badawczych jako siły napędowej gospodarki opartej na wiedzy,nieodzownych do wdrażania innowacji i stwarzania wyspecjalizowanych miejsc pracy, ulepszania medycyny i podnoszenia jakości życia, zrozumienia istoty kultury i bycia jednostką ludzką oraz sukcesu krajów europejskich jako sąsiadów i obrońców praw człowieka.
3. Wspólne wypracowywanie pozytywnych zmian poprzez szczery i otwarty dialog oraz wpływanie na władze ustawodawcze w celu wspierania ważnych inicjatyw, powszechnej wymiany wiedzy i wspieranie demokratycznej debaty w kontekście europejskim jak i krajowym.
4. Tworzenie korzystnych warunków rozwoju i zapewnianie wsparcia dla innowacji
i przedsiębiorstw poprzez stałą współpracę z czołowymi przedstawicielami środowiska przemysłowego i biznesowego, włączając małe i średnie przedsiębiorstwa, organizacje pożytku publicznego, a także inne europejskie organizacje prywatne lub publiczne.
5. Promowanie inkluzywności i równouprawnienia poprzez zaangażowanie akademickie, w szczególności w kwestiach mobilności społecznej, mniejszości i płci kulturowej.
6. Wspieranie wysiłków zmierzających do zwiększenia finansowania badań naukowych, nauczania i innowacji w całej Europie z zachowaniem najwyższych standardów.
7. Poświęcenie się studiowaniu wszystkich gałęzi ludzkiej wiedzy, w tym SSAH (nauki społeczne i humanistyczne oraz sztuka), STEMM (nauki ścisłe i techniczne, inżynieria, matematyka oraz medycyna), a także nowo powstałych i potencjalnych przyszłych dziedzinach.
8. Rozpowszechnianie dobrych praktyk i analiza danych mające na celu nieustający rozwój  członków Gildii (indywidualny oraz wspólny), który zapewni wzajemne zrozumienie, pogłębi wiedzę i umożliwi lepszą koordynację oraz zwiększy moc badawczą.
9. Pełnienie kluczowej funkcji w globalnych debatach o znaczeniu badań i nauki w rozwoju społeczeństwa, kultury i gospodarki.

Cele, misja oraz zadania Gildii wpisują się doskonale w strategię modernizacji europejskiego szkolnictwa wyższego oraz w program umiędzynarodowienia szkolnictwa wyższego. Zgodne są też z wewnętrzną polityką internacjonalizacji uczelni, a szczególnie jej zaangażowaniem
w znaczące inicjatywy o wymiarze globalnym. Uniwersytet Jagielloński zamierza włączyć do dyskusji na tematy poruszane przez Gildię również zainteresowane uczelnie polskie, jako głos doradczy i opiniodawczy. Uczelnia będzie zatem reprezentować głosy wielu polskich instytucji naukowych na arenie europejskiej.